Κάθε υποκείμενος στο φόρο που είναι εγκατεστημένος στο εσωτερικό της χώρας και προτίθεται να πραγματοποιήσει ενδοκοινοτικές συναλλαγές (ενδοκοινοτική απόκτηση – ενδοκοινοτική παράδοση – ενδοκοινοτική παροχή υπηρεσιών – ενδοκοινοτική λήψη υπηρεσιών) έχει υποχρέωση πριν την έναρξη της συναλλαγής (τιμολόγησης) να υποβάλλει στην αρμόδια Δ.Ο.Υ. «δήλωση έναρξης – μεταβολής εργασιών φυσικού προσώπου» (έντυπο Μ2) ή «δήλωση έναρξης – μεταβολής εργασιών μη φυσικού προσώπου» (έντυπο Μ3), κατά περίπτωση, για την εγγραφή του στο μητρώο V.I.E.S.

Στη συνέχεια προβαίνει, πριν την έναρξη κάθε συναλλαγής στον έλεγχο εγκυρότητας του κοινοτικού Α.Φ.Μ./Φ.Π.Α.σε σχέση με την  επωνυμία του.  Ο έλεγχος εγκυρότητας  του κοινοτικού Α.Φ.Μ./Φ.Π.Α. πραγματοποιείται  στις  ηλεκτρονικές  διευθύνσεις www.gsis.gr, και www.europa.eu.int/vies.  Για τα κράτη μέλη που δεν είναι δυνατό να γίνει επιβεβαίωση της επωνυμίας μέσω των ηλεκτρονικών αυτών διευθύνσεων, ο έλεγχος  εγκυρότητας πραγματοποιείται τηλεφωνικά στον αριθμό 210-3640076.

Τέλος, προκειμένου για αγαθά, απαραίτητη προϋπόθεση για να θεωρηθεί μια συναλλαγή ως ενδοκοινοτική είναι και η αποδεδειγμένη φυσική διακίνηση των αγαθών μεταξύ διαφορετικών κρατών μελών (βλ. σχετ. Ε.Δ.Υ.Ο. ΠΟΛ. 1201/1999).

Σημειώνεται ότι από 01/01/2010 στους ανακεφαλαιωτικούς πίνακες καταχωρείται και η συνολική αξία των ενδοκοινοτικών παροχών και λήψεων υπηρεσιών εφόσον: i) ο τόπος φορολογίας είναι το κράτος μέλος του λήπτη των υπηρεσιών και υπόχρεος για την καταβολή του φόρου είναι ο λήπτης των υπηρεσιών (σύμφωνα με το άρθρο 14 παρ. 2 περ. α΄ του Κώδικα ΦΠΑ), ii) οι υπηρεσίες δεν απαλλάσσονται από το φόρο σύμφωνα με τις ισχύουσες διατάξεις στο κράτος μέλος του λήπτη των υπηρεσιών, δηλαδή δεν δηλώνονται οι πράξεις για τις οποίες δεν υπάρχει υποχρέωση καταβολής φόρου από το λήπτη.

Σημειώνεται ότι όσον αφορά την ενδοκοινοτική λήψη υπηρεσιών, η υποχρέωση εγγραφής στο V.I.E.S. και υποβολής ανακεφαλαιωτικών πινάκων ισχύει για κάθε υποκείμενο στο φόρο, ανεξάρτητα εάν πρόκειται για υποκείμενο στο φόρο που απαλλάσσεται στο εσωτερικό λόγω μικρού τζίρου (μικρές απαλλασσόμενες επιχειρήσεις), ή οι πράξεις του απαλλάσσονται από το φόρο (πράξεις του άρθρου 22 του Κώδικα ΦΠΑ, αγρότες του ειδικού καθεστώτος).

Το ίδιο ισχύει και για τις ενδοκοινοτικές παροχές υπηρεσιών (υπηρεσίες που φορολογούνται σε άλλο κράτος μέλος, σύμφωνα με το άρθρο 14.2.α του Κώδικα ΦΠΑ), από οποιοδήποτε υποκείμενο στο φόρο.