Οι εκμεταλλευτές σκαφών παράκτιας αλιείας μέχρι 12 μέτρα, καθώς και σκαφών σπογγαλιείας εντάσσονται στο ειδικό καθεστώς απόδοσης Φ.Π.Α. με κατ’ αποκοπή ποσά που ορίζονται με την Α.Υ.Ο. 1145339/6602/140/Ε0014/ΠΟΛ.1320/30.12.1998. Το καθεστώς αυτό είναι προαιρετικό για τους εκμεταλλευτές, οι οποίοι μπορούν να εκπληρώνουν τις υποχρεώσεις τους σύμφωνα με το κανονικό καθεστώς.  Τα ποσά του φόρου που οφείλονται για κάθε σκάφος ετησίως προσδιορίζονται ανάλογα με το μήκος των σκαφών και έχουν ως εξής:

Ο φόρος καταβάλλεται σε δύο ισόποσες δόσεις (μέχρι 20.06 και 20.12 κάθε έτους) με την υποβολή έκτακτης δήλωσης. Οι ανωτέρω εκμεταλλευτές έχουν δικαίωμα απαλλαγής των πλοίων που προβλέπεται από το άρθρου 27 του Κώδικα Φ.Π.Α. (Ν.2859/2000), όπως ισχύει.

Οι επιχειρήσεις που εκμεταλλεύονται μόνο ένα σκάφος κάτω των 6 μέτρων απαλλάσσονται από το φόρο, ως μικρές επιχειρήσεις. Οι επιχειρήσεις αυτές δεν έχουν δικαίωμα απαλλαγής των πλοίων που προβλέπεται από το άρθρο 27 του Κώδικα Φ.Π.Α., εκτός και επιλέξουν την ένταξή τους στο ειδικό καθεστώς ή στο κανονικό καθεστώς Φ.Π.Α.